A Brenner János Hittudományi Főiskolán jelenleg négyféle képzés folyik: katolikus teológus, hittanár-nevelőtanár, katekéta-lelkipásztori munkatárs, valamint római katolikus kántor képzés. A teológus szakos hallgatók nappali tagozatos munkarendben tanulnak, a leendő hittanárok, illetve katekéta-lelkipásztori munkatárs és kántor szakos hallgatók a győri székhelyen és a szombathelyi telephelyen nappali és levelező tagozatos képzésben részesülhetnek.
A teológus szakon végzett tanulmányok egyetemi szintű teológiai diplomával, bakkalaureátussal zárulnak, amely lehetőséget ad a hallgatóknak arra, hogy bármelyik katolikus teológiai fakultáson a második ciklusban folytathassák tanulmányaikat. A képzési idő 12 félév.
A teológus szakon csak egyházmegyébe, illetve szerzetesrendbe felvett papnövendékek és szerzetes jelöltek folytathatnak tanulmányokat. A teológus szak ezen jellegéből adódóan –mint ahogy azt intézményünk organogramja is kifejezi – szoros belső kapcsolat van az oktatás és nevelés között, azaz a Brenner János Hittudományi Főiskola és a Papnevelő Intézet között. Ez a jelleg erősen megfigyelhető a főiskola külföldi akkreditációját igazoló dokumentumokban és egyéb általános szabályzatokban (vö. CIC 244.kánon). Ezen szak külföldi – egyházi – akkreditációjának alapját az Egyházi Törvénykönyv "Klerikusok képzése" című fejezete alapozza meg (CIC 232-264. kánon). A CIC ezen rendelete értelmében a katolikus püspöki konferenciák feladata a legfőbb egyházi hatóság által kiadott szabályok figyelembevételével elkészíteni a Papnevelési Szabályzatot, melyet az Apostoli Szentszék hagy jóvá.
Világi képzéseinkre azokat a római katolikus vallású személyeket hívjuk, akik hitéleti vagy egyéb képzettségüket tökéletesítve kívánnak bekapcsolódni az iskolai és plébániai oktatás változó világába, illetve az ifjúságnevelő munkába, akik hitüket a gyakorlatban, munkájukban is cselekvő szeretetként akarják megélni.
Intézményünk általános célkitűzései a „Sapientia Christiana” (1979. Róma) dokumentum alapján a következőkben határozhatók meg:
A hittanár-nevelőtanári, valamint a katekéta-lelkipásztori munkatárs és a kántor szak küldetésnyilatkozatának egyházi részére vonatkozóan Szent II. János Pál pápa „Sapientia Christiana” (1979. Róma) című dokumentuma rendelkezik.
A Brenner János Hittudományi Főiskola a Nyugat-Dunántúl egyik legrégebbi egyházi felsőoktatási intézménye, fenntartója a Győri Egyházmegye. A régióban a hitéleti, hittudományi, egyházzenei képzések és továbbképzések szellemi központja.
Főiskolánk legfontosabb küldetésének tartja a papnövendékek és a hitoktatók képzését. Célunk nemzedékről nemzedékre átörökíteni, hogy az Isten titka felé nyitott emberi gondolkodás logikus, szép, értelmes és igaz.